# 09/06/2020

#### Exemple d'extraction de données à partir d'un vecteur simple

### créer un vecteur contenant les valeurs de 1 à 100
gene_rank <- 1:100
# nommer le vecteur (i.e donner des noms aux indices du vecteur)
set.seed(56) # pour la reproducibilité du code on verra ça plus tard
# la ligne de code ci-dessous fait appel à :
# • la fonction paste() déjà vue
# • la fonction sample, on la verra plus tard
# • la notion de recyclage de variable. En effet le vecteur de longueur = 1 contenant la chaîne de caractères "Gène" va être recylé 100 fois!!
names(gene_rank) <- paste("Gene", sample(x = 1:100, size = 100, replace = FALSE), sep = "_") 

### Extraire des valeurs du vecteur
## en utlisant le noms des indices
# extraire la valeur associée au Gene_30
gene_rank["Gene_30"]
# extraire la valeur associée au Gene_30 et Gene_43
gene_rank[c("Gene_30", "Gene_43")]

# en utlisant le numéro des indices (qui n'est pas perdu lorsque l'on nomme les indices du vecteur!)
gene_rank[c(2, 4, 9, 12)] #affiche les éléments en position 2, 4, 9 et  12 dans vecteur
# différentes manières d'extraire les 10 premières et 10 dernières valeurs du vecteur
# afficher les 10 première valeurs :
gene_rank[1:10]
# afficher les 10 dernières valeurs : 
vector_length <- length(gene_rank) #crée une variable contenant la longueur du vecteur
gene_rank[(vector_length-9):vector_length]
# afficher les 10 premères et les 10 dernières :
gene_rank[c(1:10, (vector_length-9):vector_length)]

# Autre façon en utlisant les booléens
gene_rank[gene_rank <=10 | gene_rank>=91]


###Les booléens FALSE, TRUE ou 0, 1
bool_vect <- c(TRUE, FALSE, FALSE, TRUE)
bool_vect
# il est possible de réaliser des opération arythmétiques sur les booléens...
sum(bool_vect)
# car les valeurs booléennes ont des correspondances numériques TRUE=1, FALSE=0
as.numeric(bool_vect) # est une façon de transformer un vecteur de booléens en version numeric.


### fonction paste()
# créer les vecteurs names et ages
names <- c("Amanda","Boris","Claire","Desmond", "Elena","Farid",  "Giulia",  "Henry")  
ages <- c(36, 34, 24, 41, 34, 37, 34, 34)
# afficher la structure du vecteur : indique le type de variable contenue dans le vecteur
str(names)
# afficher la structure du vecteur : indique le type de variable contenue dans le vecteur
str(ages)
# Generate a vector of character strings, each consisting in one of the names in names 
# and the corresponding age separated by a tabulation:
names_ages <- paste(names, ages, sep = "\t")
# afficher le vecteur créer
names_ages
# afficher la structure du vecteur : indique le type de variable contenue dans le vecteur
str(names_ages)
# façon en utilisant le vecteur "names_ages" précédemment créé :
names_ages_IIa <- paste(names_ages, collapse = "\n")
# autre façon de faire (from scratch, by steps)
names_ages_IIb <- paste(paste(names, ages, sep = "\t"), collapse = "\n")
# autre façon de faire (from scratch, by steps)
names_ages_IIc <- paste(names, ages, sep = "\t", collapse = "\n")

names_ages_IIa #equivaut à print(names_ages_IIa)
names_ages_IIb #equivaut à print(names_ages_IIa)
names_ages_IIc #equivaut à print(names_ages_IIa)

# afficher le vecteur avec interprétation des tabulation (\t) et saut de ligne(\n)
cat(names_ages_IIa)